Ông là con trai thứ ba của hoàng đế Suppiluliuma I và hoàng hậu Hinti.Mursili II có ba người con trai với người vợ đầu tiên là hoàng hậu Gassulawiya: Muwatalli II, Hatusili III, Hapasulupi và một người con gái là Massanauzzi. Sau khi hoàng hậu Gassulawiya mất vào năm thứ chín ông trị vì, Mursili II lấy người vợ thứ hai là Tanuhepa và họ có một người con trai. Thông tin về người con trai này hầu như không có.